农业生物技术计划（二期） 2002-2004（三年） 19.9 整合农业技术上、中、下的人力、物力和科技资源，加强本土具有产业开发潜力的研究，落实产业应用，提高生物技术产品的国际竞争力。
　　农业生物技术计划（三期） 2005-2008（四年） 25.72 推动兰花等花卉的产销体系、中草药及保健食品产业化体系、优良猪鸡生产体系、生物反应器生产相关技术开发、基因改性生物（GMO）评估技术及产业认证等15项产业化建设，实现商品化。
　　制药与生物技术计划（一期） 2000-2002（三年） 10.6 以本地抗癌天然药物的研发为主，从上游的化学药物研究（包括合成、天然化合物）、生化药物（包括重组蛋白、抗体）及生物医学芯片；中游的药物毒理、制剂、GMP生产及临床实验；下游的药物市场开拓（GMP量产）等。该计划从第二期更名为“生物技术与制药”计划。
　　生物与制药技术计划（二期） 2003-2006（四年） 75.9 重点是在一期计划范围内加强相关资源的整合并增加开展小分子和蛋白药物的研发。
　　制药与生物技术计划（三期） 2007-2010（四年） 33.96 在整合第1、2期计划成果的基础上，以癌症药物、糖尿病药物、心血管药物及神经药物的4大类药物为目标，开展上、中、下游的综合研发。
　　基因组医学计划（一期） 2002-2004（三年） 72.7 以基因组相关基础研究为主，开展疾病预防、诊断与治疗，特别针对台湾常见病，结合基础研究、动物模型与测试、临床实验、技术转让等开展研发，完成基因药物开发，促进产业技术应用。
　　基因组医学计划（二期） 2006-2010（五年） 76.16 以癌症、糖尿病、心血管疾病、神经性疾病和传染病相关研究为主轴，整合各部门的药物研发资源，促进上游研发成果的产业化应用，建设及运营相关核心设施，开发具有产业化潜力的技术，提供技术支持，辅助生物制药业者投入基因组相关研发应用。
　　数字档案计划（一期） 2002-2006（五年） 27.8 将台湾重要文物藏品进行数字化，以实现文物的数字化典藏。
　　数字学习计划（一期） 2003-2007（五年） 40.1 整合数字化学习平台，发展整体数字化学习。
　　数字典藏与数字化学习计划 2008-2012（四年） 36.78 本计划是2007年由“数字典藏”与“数字化学习”两个计划合并而成。计划主要目标：以“以典藏多样台湾，深化数字化学习”为目标，推动数字典藏、数字技术研发与整合、数字核心平台、相关学术研究和社会应用推广、推动数字典藏与数字化学习的产业发展、数字化教育网络、语文数字化教学、海外推展及国际合作等。
　　系统芯片计划（一期） 2002-2005（四年） 76.7 发展具有知识产权的整合电子设计自动化软件，重点在于建立平台，将系统封装技术应用于实际产品，根整合产学研力量，将台湾建设成全球系统芯片设计中心。
　　系统芯片计划（二期） 2006-2010（五年） 101.36 建立丰富的知识产权，整合电子设计自动化软件，提供优良的设计环境，加速由系统封装向系统芯片制造转变，创新性产品开发、先进技术的整合及人才环境的全球化。
　　纳米计划（一期） 2003-2008（六年） 231.9 提升纳米技术研究的原创性，建立纳米技术平台，加速纳米技术产业化，建立国际级纳米共同实验室，加速培育纳米人才，开创以技术创新、知识产权创造为核心的高附加值知识型产业。
　　纳米计划（二期） 2009-2014（五年） 62.2（注） 开展纳米前瞻研究，支持纳米电子/光电、纳米仪器研发、能源与环境技术、纳米生物技术、纳米材料与传统产业技术应用，使研究成果转化为产业竞争力，推动纳米科技产业化。
　　能源计划 2003-2007（五年） 303.22 提升能源自主与安全、减少温室气体排放、开场能源产业、提升能源使用效率、改善能源使用结构
　　注：仅为2009-2010年两年的预算。
　　三、台湾实施“国家型”科技计划的一些特点
　　台湾各“国家型”科技计划涉及的领域相对单一，主要为经济产业、生物技术及民生科技三个领域，而2009年设立的能源计划则比较综合，涉及的领域相对较广。从计划实施十五年的变化来看，台湾行政部门在推动和执行“国家型”科技计划时，也采取的是一种“摸着石头过河”的思路，根据计划执行环境、研发方向和目标取向的变化，对计划实施的领域选择、名称、主管机关、承担机构、执行期限、研究重点及投入等都在不断进行调整。总体看来，有以下一些特点：
　　1．经济产业类计划的领域选择。在经济产业类计划中（含网络通讯、系统芯片、纳米及能源计划），均被认为是推动台湾经济发展所需的重要技术，并且是促进台湾产业转型的关键技术。由于从代工产业发展而来的台湾企业在计算机、半导体、芯片制造、电讯和网络等信息技术领域有着雄厚的产业基础，它也是台湾制造业的优势领域，研发水平也不低，因此在经济产业类项目中列入网络通讯（原电信科技）项目不足为奇，而系统芯片则是在上述领域拓展智能化所必需的技术。因此，网络通讯、系统芯片计划都可以看成是为信息技术产业升级提供支持。纳米技术及其产业在全世界也属于新兴产业，其产业化尚不成熟。台湾在纳米领域原本没有多少基础研究的优势，但看重的是纳米技术将对人类生活产生全面的影响，有可能引发一场技术革命和产业创新浪潮，因此将纳米技术列为“国家型”科技计划之一。纳米计划以人才培养及核心科研设施建设为主，以推动纳米学术研究及产业化为目标，以期抢占技术先机，获得产业竞争的先发优势。由于经济产业类计划大都涉及到台湾产业的强势领域，因此计划的投入相对较高。这一方面是因为相关产业基础雄厚，研发人才和研发基础完善，需要较多的投入才能满足业界的需要，同时这些计划也被寄予了推动台湾产业转型、实现研究成果产业化的较高期望。