一、条约签订中的争议
条约签订之前，本来是由李鸿章为全权大臣与日本进行谈判，后由于李鸿章出差俄国，光绪二十一年十二月二十七日，清政府转而派“户部左侍郎张荫桓着作为全权大臣与日本使臣林董妥议通商事宜”。然而，谈判过程中为难情形甚多。
日使以签订的《马关条约》为底本，因此争回较多权利较难。正式谈判之前，光绪二十二年正月二十五日，张荫桓在给光绪皇帝的奏折中就交代了此约签订的为难之处，认为日方不仅以马关条约为基础，提出各种无理要求，同时想以中国与欧洲国家的条约为参照，妄图争取更多在华利益。在如此窘境之下，如何能从日使手里争回更多的在华利益，这是谈判困难之关键。奏折之中，张荫桓向光绪皇帝陈述了谈判中的为难情形。
（一）焦点为在通商口岸制造货物问题的争议
首先，制造货税征收的异议。日人欲趁着甲午战胜之机，想要减免中国对其制造货税的征收，如果答应其要求，但这关系本国的非常利益。全权大臣张荫桓认为应该加重税课，从而使市场中流通的日货减少，保护本民族经济。光绪二十一年十二月二十三日，张之洞，边宝泉，鹿传霖，谭继洵，赵舒翘，廖寿丰等大臣在给光绪皇帝的奏折中就阐明了制造货税的重要性，战败后，他们仍存在与各国平等通商的幻想，还是强调了与日本通商谈判的重要性。其中讲到“通商公理原以利民，非以害民”。同时分析了当时中国的国情，中国小民多，都是用手工进行谋生，倘若对日本制造这一说法不加以限制，全部用机器代替手工，严重危害了小民的利益。因此，希望在此次与日使商约中“凡有夺小民手作，致害其谋生者，皆不准制造”，希望通过此次谈判，能争回一分利益，则为亿万小民多留一分生计。
谈判之前，李鸿章就制造税这一问题与林董进行过争论。李鸿章改拟约稿，令货物在离厂之前先交10%的离厂正税，才能投入市场。林董却坚持以《马关条约》第六条争辩：“日本臣民得在中国通商口岸城邑，任便从事各项工艺制造，又得将各项机器任便装运进口，只交所定进口税。”林董认为《马关条约》中只说了制造货物应交纳内地税即可。当时，中国征收的洋商货税有三项：一是进口税，二是出口税，三是内地税。他强词认为制造的货物是在中国的通商口岸制造完成的，并不是从外面运进来的“断不能比照进口货征收正税”，同时还言辞犀利的称，不但10%的离厂税是不会缴纳，而且5%的进口税也不会缴纳，过分地想只缴纳值3%的内地税。日使林董多次以商约暂停为要挟，使谈判进入困境。光绪二十二年三月初一，张荫桓在给光绪皇帝的奏折中讲到“其中要紧各款一经定议，各国必援一体均沾之”。如果为海关争一分利就能保国家的一分权。所以商税问题关系大局，必须予以谨慎重视。
（二）争取华民在日本权利的争议
李鸿章改拟原条约，争取中国使臣携带眷属、在日本设立领事，以及中国在日侨民也应该享受日本“最优之国人民，一律优待”的权利。但林董坚执马关约，并比照泰西各国与华签订的条约。当时美国、巴西等国与中国签订的条约中确实有对华民在其国家享有权利的规定。林董竟强调所谓的泰西各国是专指欧洲各国，美国及秘鲁、巴西这些国家并不是泰西各国，所以不能按照他们的条款施行。张荫桓称其为无理取闹，日本却一意孤行，以所谓泰西之国为参照。所以中国想要在此次谈判中“再图补救”，是十分困难的。
（三）商约急于签订与否的矛盾
《马关条约》的签订为谈判带来种种阻碍。由于有《马关条约》签订在前，虽然《通商行船条约》没有立即签订，但他们可以根据《马关条约》之规定照旧通商。但商约如若不急于订立下来对中国损失较大，“日本官吏臣民及商业工艺，行船通商等均受中国最为优待之国礼遇”。马关约又称日本军队暂时占领山东省威海卫，商约未定之前，即使交清赔款，也不会撤回军队。这是暗中以武力相威胁，所以，商约签订迫在眉睫。可是商约签订过程又是处处受阻。因为马关约内并未提及商约未定之前，在日本的华商享有的利益。日本对待当时在日华商与其他“无约之国”是一样的，并没有什么对等权利。这使全权大臣张荫桓又不得不慎重考虑。同时张荫桓考虑到如果真的商约罢议，寓日侨民无法保护，日本不撤兵，中国还要继续补贴兵费，吃亏的还是中国人。
二、条约签订的结果
光绪二十二年三月初一，张荫桓在给光绪皇帝的奏折中，详细地奏明了其对日使林董原稿的删改情况。该约原交约款四十款，会议四次，照原稿删九款，余三十一款，原稿未改的二十四款，有改动的七款。
张荫桓在其积极政策之下为中国争回更多的对等利益，一定程度上维护了国家利益。但是，在光绪二十二年六月初六，张荫桓给光绪皇帝的奏折中，提及未删改的原因却往往用一句话概括即“谨查此款与各国条约相符，应照准”。认为只要是符合与之前泰西各国签订的条约款项就是合理的，未对这些不等条款进行努力的力争实在欠妥，有些遗憾。
参考文献：
[1]王彦威. 清季外交史料[M].上海：书目文献出版社，1987.
[2]王连英. 张荫桓与《中日通商行船条约》谈判[J]. 兰台世界，2014（4）.